Adapun Misi SMP Negeri 1 Wonomulyo adalah sebagai berikut:

1. Menciptakan profil pelajar yang berakhlak mulia dan rajin beribadah.
2. Menumbuhkan penghayatan terhadap ajaran agama dan budaya bangsa sehingga menjadi sumber kearifan dalam bertindak.
3. Mengoptimalkan kurikulum nasional yang berbasis pada pendidikan karakter.
4. Meningkatkan prestasi siswa dibidang akademik dan non akademik.
5. Mengoptimalkan sarana dan prasarana yang mendukung peningkatan prestasi.
6. Mewujudkan sekolah hijau dan ramah anak.
7. Terwujudnya budaya peduli lingkungan (pencegahan pencemaran, pencegahan kerusakan, dan upaya pelestarian lingkungan hidup) bagi seluruh warga sekolah.
8. Membudayakan pengelolaan sampah sehingga menjadi bahan bernilai ekonomis.
9. Menerapkan menejemen partisifatif warga sekolah dan masyarakat menuju lingkungan yang “bersinar terang“ ( Bersih, Indah, Asri, Rindang, Tertib, Aman, Nyaman, dan Tenang ).